RAPD-PCR för storskalig typning av Bacillus cereus; En metod att skilja olika stammar åt med genetiska fingeravtryck

Forskningsrapport
Nr 4988; 2000-12-15

Av Birgitta Svensson, Kerstin Ekelund, A Christiansson, Bodil Andersson, Jörgen Nilsson

Läs hela rapporten

Sammanfattning av rapporten

Bacillus cereus är en Gram-positiv, sporbildande bakterie som är vanligt förekommande i naturen. Sporerna är värmeresistenta och överlever lågpastörisering på mejeriet och vissa stammar kan sedan tillväxa i den kyllagrade mjölken. Detta gör att B. cereus är en viktig hållbarhets begränsande faktor för lågpastöriserad, kyllagrad mjölk.

Den viktigaste kontamineringsvägen för mjölk med B. cereus är nedsmutsning av kornas spenar med jord under betesgång. Sporerna som finns i jorden fastnar på spenarna och hamnar i mjölken vid mjölkning. Sporerna följer sedan med mjölken till mejeriet.

Mjölken kan även kontamineras ytterligare av B. cereus på mejeriet om denna bakterie har lyckats etablera sig inne i mejeriet. Denna typ av kontaminationskällor är mycket svåra att hitta efter som det ofta rör sig om relativt låga halter och att kontaminationen inte är jämn över dagen. Det är även svårt att skilja mellan kontamination i mjölkråvaran och kontamination på mejeriet. Enbart spridningssiffror ger inte den upplösning som krävs för att hitta eventuella kontaminationskällor på mejeriet utan det krävs en metod som kan skilja bakterierna åt på stamnivå.

På Svensk Mjölk Forskning i Lund har vi utarbetat en RAPD-PCR (Random Amplification of Polymorphic DNA Polymerase Chain Reaction) för att kunna skilja olika B. cereus isolat åt. Metoden är i stort sett nere på stamnivå. RAPD är baserat på PCR där DNA uppförökas utanför cellen. Vad som skiljer RAPD från vanlig PCR är att den primer (startsekvens) man använder inte är specifik för en särskild gen. Man använder istället en kort primer (9-10 nukleotider lång) som ska binda in till sekvenser som är slumpvis fördelade över hela DNA:t. Detta ger upphov till ett antal DNA-fragment som avspeglar var primern bundit in. När DNA-fragmenten separeras på en agaros gel får man ett bandmönster (genetiskt fingeravtryck) som är unikt för den stam man analyserat. På detta vis kan man skilja olika stammar åt. I denna rapport beskriver vi en RAPD-metod för B. cereus i detalj, hur vi gör och vilken utrustning vi använder. I diskussionen tar vi upp en del om utvecklingen av metoden och det finns även ett avsnitt som handlar om fel och misstag som kan uppstå vid användning av denna metod.

Senast ändrad 26 november 2010

Fler artiklar